Porodični automobil nikada ne može imati previše sistema za pomoć vozaču da bi se zaštitio od opasnih situacija. Na primer, Octavia može da se izbori sa sledećim situacijama: prati saobraćaj kada skrećete levo i zaustavlja automobil ako postoji opasnost. Kada parkirate automobil, on nadgleda prostor iza i upozorava Vas ako postoji rizik da udarite drugi automobil ili biciklistu dok otvarate vrata.

U slučaju nezgode, putnici su zaštićeni čvrstim karoserijom sa velikim zonama gužvanja, sa do 10 vazdušnih jastuka, pružajući fino podešenu interakciju sa automatskim sigurnosnim pojasevima u tri tačke i sigurnosnim naslonima za glavu. Ostale bezbednosne karakteristike uključuju moderne elektronske sisteme dizajnirane da ublaže posledice nezgode, kao što su kočenje u slučaju sudara i Crew Protect Assist napred i pozadi.

Octavia ima sistem eCall, koji prenosi informacije kao što su lokacija automobila, broj osoba u automobilu, položaj automobila pre i posle nezgode i status u slučaju nezgode. Takođe se može aktivirati ručno u bilo kom trenutku preko prekidača u krovnom modulu.

Euro NCAP je automobilu Škoda Octavia dodelio najvišu moguću ocenu od pet zvezdica, čime je potvrdio da automobil nudi optimalnu zaštitu za sve u vozilu.

U kategoriji zaštite dece, Octavia je dobila ocenu od 88 odsto svih mogućih poena. Ovo je model Oktavia svrstalo na vrh svih testiranih automobila. U kategoriji zaštite odraslih putnika, Octavia je postigla 92 procenta.