Godine 1987, dugo očekivani i potpuno novi model, Škoda Favorit kreće u proizvodnju. U martu 1991. kompanija započinje partnerstvo sa Volksvagen-om. Čak je i naziv kompanije nov - Škoda, akcionarsko automobilsko društvo.
Pokrenuta proizvodnja serije modela Favorit. Prelazak na moderan koncept motora prednje osovine, pogona na prednje točkove i kompaktne karoserije sa velikim petim vratima odvija se u rekordnom roku. Elegantnu karoseriju dizajnirao je italijanski dizajner Nuccio Bertone.
Škoda Favorit je lansirana na tržište, beležeći uspeh u prodaji u Čehoslovačkoj i inostranstvu.
Nakon promene političkog režima 1989. godine, kompanija traži snažnog stranog partnera za transfer Škode na osnovu tržišnih ekonomskih uslova u međunarodno konkurentnu kompaniju. U decembru 1990. Češka bira Folksvagen.
Škoda, automobilova a. s. počinje svoje aktivnosti i pridružuje se VW, Audiju i Seatu kao četvrti brend koncerna Volksvagen.
U toku je proces poboljšanja kvaliteta proizvodnje, a sva Škoda vozila dobijaju monopoint sisteme ubrizgavanja goriva i kontrolisane katalizatore.
Model Škoda Favorit nakon više od milion proizvedenih vozila zamenjen je Felicijom, prvim zajednički razvijenim vozilom od spajanja sa VW. Do 2001. godine kompanija je proizvela više od 1,4 miliona modela Felicia.
U Mladoj Boleslavi , položen je kamen temeljac za proizvodni pogon budućeg novog modela Oktavije srednje klase.